Ha desempeñado la mayor parte de su vida profesional en puestos ejecutivos ligados a la Innovación.
Fue Director de I+D, durante más de 15 años, en IESA, empresa radicada en San Sebastián; trabajó para General Electric Plastics (Barcelona-Holanda) en el área de Technical Marketing; y ha sido Director General de la Asociación de Electrónica, Informática y Telecomunicaciones del País Vasco durante 16 años. Fco. Javier Cáceres ha sido también Director General de la empresa de telecomunicaciones IKUSI-GS en México; y posteriormente, Director Corporativo de Innovación y Desarrollo Institucional del Grupo Ángel Iglesias S.A. IKUSI.
Actualmente, Fco Javier Cáceres es Senior Consultant de la empresa NOVOMERCO Consulting S.L. asesorando a Administraciones Públicas, empresas privadas e instituciones en temas relacionados con los procesos de innovación e internacionalización, política de desarrollo sectorial y regional, clústeres, etc.
Fco. Javier Cáceres es conferenciante habitual sobre temas relacionados con la Innovación, el I+D empresarial y la gestión del cambio (España, UK, India, Tailandia, México, Argentina, Chile, Israel,...) así como miembro de diferentes comités (institucionales y privados) para el fomento del desarrollo empresarial y la innovación. Ha sido y es miembro de las ejecutivas de distintas asociaciones sectoriales del ámbito de la electrónica y las telecomunicaciones y fue miembro del World Electronics Forum, para quien desarrolló el estudio global sobre la situación profesional de los recursos humanos en el sector mencionado. Recibió, en 2006, el Premio Félix Zulueta por los Servicios prestados al Sector Electrónico-Informático del País Vasco.